南宁孔庙始建于北宋皇佑年间(公元1049年～1054年)，原址在南宁仓西门外沙市(今民生路向阳百货商场附近)；南宋宝庆三年(1227年)迁至府治北(今南宁饭店内)，南宋淳祐八年(公元1248年)重修。
元朝大德六年因大雨庙宇崩塌后，重建大成殿。大成殿前有大成门、泮池、棂星门、照壁等；殿后有明伦堂、启圣祠等。
孔庙全景图 图片来源：柯特 新浪博客
南宁新孔庙门的棂星门广场 图片来源：柯特 新浪博客
从始建至民国时期，曾历经3次的迁建、30多次维修、重建，庙中的建筑多被拆毁，只剩下一座大成殿。
状元门 图片来源：柯特 新浪博客
状元桥 图片来源：柯特 新浪博客
在状元桥上回望状元门 图片来源：柯特 新浪博客
崇圣祠 图片来源：柯特 新浪博客
大石龟 图片来源：柯特 新浪博客
孔子帝王坐像 图片来源：柯特 新浪博客
1982年10月，因南宁饭店扩建，当时南宁市文物管理委员会负责人多次到孔庙现场进行勘察，并绘制了孔庙平面图，后有秩序地对建筑材料进行拆除，将孔庙原有木料和13根石柱全部搬到广西展览馆内保存，庙内一驮着一块大石碑的大石龟则被移至南宁市人民公园镇宁炮台内的碑廊存放。2003年6月，南宁孔庙通过国内著名孔学专家及建设、规划、文物、旅游、古建筑等方面专家的论证，2005年，南宁孔庙工程开工，新址选在南宁市青山园艺场的上琅村。历时五年多，青山脚下邕江畔，南宁新孔庙终于落成。
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