吉水神社创建于1300年前的日本白凤时期，当初名为吉水院，是金峰山寺规格最高的僧坊，本为“吉野宗”的“修验道场”。明治维新时期，依据“神佛分离令”而成为供奉后醍醐天皇的神社。这里曾是醍醐天皇潜行吉野时的临时行宫，也是酷爱樱花的太阁秀吉设宴赏樱的地方。
吉水神社藏有很多国宝级的美术文化财。同时它也因名人的哀婉情事而闻名。
十二世纪末发生的爱情悲剧最让人动情。缤仓幕府初期，源赖朝之弟源义经因功高震主，被迫逃难至吉野山，追兵不断，他不得不逃往高山深处，可是受修验道女子不得入山的道规之限，他只得与妻子静御前在吉水神社分离，而这一别即是永诀。
现今，在吉水神”还保有不少关於源义经和静御前的文物。此外，这里还有不少日本国宝级文物—例如一休大师、水户黄门、丰臣秀吉等人的墨宝或相关文物。
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